300402 UE Massenspektrometrie basierte Proteomik (2016S)

Wir bieten für das Sommersemester 2016 ein Studentenpraktikum (limitiert für 12 Teilnehmer) zum Thema Proteinanalyse mittels Massenspektrometrie (MS) an. In diesem Praktikum werden wir die Grundlagen der MS für Proteine vorstellen und die erforderlichen Kriterien diskutieren, um Protein-Proben von ausreichender Qualität und Reinheit für eine MS-Analyse vorzubereiten. Sie werden Techniken zur Sample Vorbereitung (wie Affinitätsreinigung, Reduktion und Alkylierung der Cysteine, Behandlung mit Trypsin) durchführen. Die von Ihnen vorbereiteten Proben werden mittels RP-HPLC (reversed phase high-pressure liquid chromatography) MS analysiert - die Bedienung des Massenspektrometers wird Ihnen dabei demonstriert werden. Sie werden außerdem lernen die Datenanalyse mit Freeware Software-Tools wie MaxQuant und Perseus selbst durchzuführen und dabei auch Einblicke in quantitative Auswertung und Analyse von post-translationalen Modifikationen erhalten.