Universität Wien

300369 UE Genomic approaches to variation, adaptation and speciation (2024S)

5.00 ECTS (3.00 SWS), SPL 30 - Biologie
Prüfungsimmanente Lehrveranstaltung
VOR-ORT
Moodle
Do 06.06. 09:00-14:00 Übungsraum 3 (Fakultätszentrum für Biodiversität) Rennweg 1.OG

An/Abmeldung

Hinweis: Ihr Anmeldezeitpunkt innerhalb der Frist hat keine Auswirkungen auf die Platzvergabe (kein "first come, first served").

Details

max. 12 Teilnehmer*innen
Sprache: Englisch

Lehrende

Termine (iCal) - nächster Termin ist mit N markiert

Donnerstag 07.03. 12:30 - 13:00 Übungsraum 3 (Fakultätszentrum für Biodiversität) Rennweg 1.OG
Donnerstag 18.04. 09:00 - 14:00 Übungsraum 3 (Fakultätszentrum für Biodiversität) Rennweg 1.OG
Donnerstag 25.04. 09:00 - 14:00 Übungsraum 3 (Fakultätszentrum für Biodiversität) Rennweg 1.OG
Donnerstag 02.05. 09:00 - 14:00 Übungsraum 3 (Fakultätszentrum für Biodiversität) Rennweg 1.OG
Donnerstag 16.05. 09:00 - 14:00 Übungsraum 3 (Fakultätszentrum für Biodiversität) Rennweg 1.OG
Donnerstag 13.06. 09:00 - 14:00 Übungsraum 3 (Fakultätszentrum für Biodiversität) Rennweg 1.OG
Donnerstag 20.06. 09:00 - 14:00 Übungsraum 3 (Fakultätszentrum für Biodiversität) Rennweg 1.OG
Donnerstag 27.06. 09:00 - 14:00 Übungsraum 3 (Fakultätszentrum für Biodiversität) Rennweg 1.OG

Information

Ziele, Inhalte und Methode der Lehrveranstaltung

We will exemplify genomic investigation procedures of population genomics and genome evolution to trace natural selection, genetic ancestry, function, structure and gene-environment interactions, starting with introducing basic omics approaches, such as de novo assembly and variant calling. Attendance of the complementary lecture VO300127 (WS) is highly recommended. Students that have taken this lecture and have also passed the exam will be given priority for this complementary practical.

Art der Leistungskontrolle und erlaubte Hilfsmittel

Active participation in the practical - 5 points; 3 short tests each with 5 points; thus totaling 20 points.

Mindestanforderungen und Beurteilungsmaßstab

The students are able to understand and apply basic pipelines in genomics (e.g., quality check and filtering of NGS reads; mapping; vcf manipulation; differential expression; SNP calling), and they have good knowledge and skills in the fields of evolutionary and ecological research.

Credit key: <10 points: 5; 10-11.9 points: 4; 12-14.9 points: 3; 15-17.9 points 2; 18-20 points: 1.

Prüfungsstoff

Practical work at the computer; demonstration
Understanding main concepts, methods and data types in evolutionary and ecological genomics

Literatur

Handouts and literature will be given during the course.

Zuordnung im Vorlesungsverzeichnis

MBO 5, MES5, MEC-9

Letzte Änderung: Di 12.03.2024 07:06