270275 VO Computersimulation von Biopolymeren (2024S)
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Details
Sprache: Deutsch
Prüfungstermine
Lehrende
Termine (iCal) - nächster Termin ist mit N markiert
Mit hoher Wahrscheinlichkeit keine VO am 20.3.
Pruefungstermine (digital) moechte ich mit Ihnen akkordieren. Ich plane (plus/minus ein paar Tage)19. Juni 202415. Juli 2024
17. September 2024
Mitte Dezember 2024 oder Mitte Jaenner(2025)
Mittwoch
06.03.
13:15 - 14:45
Hörsaal 4 Chemie HP Währinger Straße 42
Mittwoch
13.03.
13:15 - 14:45
Hörsaal 4 Chemie HP Währinger Straße 42
Mittwoch
20.03.
13:15 - 14:45
Hörsaal 4 Chemie HP Währinger Straße 42
Mittwoch
10.04.
13:15 - 14:45
Hörsaal 4 Chemie HP Währinger Straße 42
Mittwoch
17.04.
13:15 - 14:45
Hörsaal 4 Chemie HP Währinger Straße 42
Mittwoch
24.04.
13:15 - 14:45
Hörsaal 4 Chemie HP Währinger Straße 42
Mittwoch
08.05.
13:15 - 14:45
Hörsaal 4 Chemie HP Währinger Straße 42
Mittwoch
15.05.
13:15 - 14:45
Hörsaal 4 Chemie HP Währinger Straße 42
Mittwoch
22.05.
13:15 - 14:45
Hörsaal 4 Chemie HP Währinger Straße 42
Mittwoch
29.05.
13:15 - 14:45
Hörsaal 4 Chemie HP Währinger Straße 42
N
Mittwoch
05.06.
13:15 - 14:45
Hörsaal 4 Chemie HP Währinger Straße 42
Information
Ziele, Inhalte und Methode der Lehrveranstaltung
Art der Leistungskontrolle und erlaubte Hilfsmittel
Digitale schriftliche Prüfung mit Angabe zum Download (open book, aber fixer Termin)Es werden 4 Termine angeboten, tentativ
15. Juni 2022
11. Juli 2022
15. September 2022
sowie Mitte Dezember 2022.
15. Juni 2022
11. Juli 2022
15. September 2022
sowie Mitte Dezember 2022.
Mindestanforderungen und Beurteilungsmaßstab
50% der möglichen Punkte bei der Prüfung
Prüfungsstoff
S. Ziele, Inhalte und Methode der LehrveranstaltungPrüfungsfragen testen grundlegendes Wissen von Methodik der MD Simulation sowie dem Aufsetzen von Simulationssystemen, die die Realität so gut wie möglich wiedergeben
Literatur
Zur Vertiefung:1) Methodik von MDhttps://www.ccp5.ac.uk/sites/www.ccp5.ac.uk/files/DL_POLY/data/4.09/EoMD.v1.2.pdf(Soweit ich weiss ist das verlinkte PDF File in "the public domain", gerne stelle ich eine lokale Kopie zur Verfuegung)
2) Aufsetzen von Simulationssystemen:
http://charmm-gui.org/?doc=demo
2) Aufsetzen von Simulationssystemen:
http://charmm-gui.org/?doc=demo
Zuordnung im Vorlesungsverzeichnis
TC-3, CHE II-7, MMBW-3, SHELL-Ergänzungsfach-Chemie, SHELL-Schwerpunkt-Chemie, CH-CBS-01, BC-CHE II-7
Letzte Änderung: Do 14.03.2024 09:26
2) Wichtige verwendete Methoden und Algorithmen, u.a., Verletfamilie von Integratoren, Kraftfeldterme, effiziente Berechnung der nichtbindenden Wechselwirkungen, SHAKE, Thermostate, Barostate, particle-mesh Ewald Methode usw.
3) Auf MD aufbauende Methoden, z.B. Berechnung freier Energie Unterschiede
4) Praktisches Aufsetzen von Simulationen, vom PDB File zum Simulationssystem